Bioindication diatomées : comparaison microscopie / barcoding ADN. Données brutes Fastq 2016 + 2017, Test des différentes stratégies bioinfo sur données 2016. Projet AFB numéro 15000239 / A30.
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4 décembre 2018
- doi: 10.15454/9EG5Z4
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Sinziana Rivera et al., « Bioindication diatomées : comparaison microscopie / barcoding ADN. Données brutes Fastq 2016 + 2017, Test des différentes stratégies bioinfo sur données 2016. Projet AFB numéro 15000239 / A30. », Recherche Data Gouv, ID : 10.15454/9EG5Z4
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Résumé
Fichiers fastqrassemble tous les fichier fastq des échantillons de 2016 et 2017 Ils sont numérotés de 1.fastq à 464.fastq La correspondance avec les échantillons est donné dans le fichier Suivi_Mothur_Run_Dreal_2016_2017.xlsxTest des différentes stratégies bioinfo - data 2016.zip>dossier "Free OTU (2016)" stratégie basée sur les séquences filtrées>dossier "OTU DREAL (2016)" stratégie basée sur les OTUs, crées soit avec méthode Furthest neighbor ou méthode Opticlust>dossier "Raw_reads (2016)"stratégie basée sur les séquences brutes