Les bases philosophiques de l’inférence phylogénétique : une vue d’ensemble

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Les fondements philosophiques de l’inférence phylogénétique ont été largement négligés, ce qui contraste particulièrement avec la diversité des opinions et des méthodes contradictoires qui ont surgi au sein de différentes écoles de pensée en systématique phylogénétique. Dans cet article nous abordons ce problème en passant en revue la structure formelle de la formation d’hypothèse, communément appelée inférence abductive, ou abduction. Alors que le raisonnement est souvent divisé en formes qui sont considérées comme ou bien déductives ou bien inductives, cette distinction n’est pas suffisamment descriptive. Tandis que l’induction peut être traitée dans ce sens large, nous effectuons une catégorisation plus précise en considérant que les inférences non-déductives peuvent être divisées en formes inductives (sensu stricto) et abductives. Ceci présente l’avantage de permettre une analyse claire des relations qui existent entre l’abduction, la déduction et l’induction dans la pratique scientifique, et du rôle joué par chacune dans la recherche scientifique. L’inférence abductive procède à partir de la conjonction entre une théorie causale et des effets observés pour conclure à une hypothèse explicative qui suggère un passé possible, des conditions initiales qui rendent compte de ces effets. C’est à partir d’une telle hypothèse que la déduction peut opérer pour conclure à des conséquences potentielles pouvant servir de test. Subséquemment, l’induction est l’acte de tester l’hypothèse en déterminant si oui ou non on observe les éléments probants servant de test. On fournit des exemples, basés sur la phylogénétique, de chacune de ces formes d’inférence. La principale conséquence de cette revue de question est que le cadre abductif dans lequel doit opérer la systématique phylogénétique a des conséquences significatives pour la plupart des méthodes. Secondairement, nous considérons que l’accent traditionnel qui est mis sur le test par le moyen de l’introduction de nouveaux caractères partagés est entièrement non fondé.

The philosophical foundations of phylogenetic inference have been largely neglected, especially in contrast to the variety of conflicting opinions and methods that have arisen among different schools of thought in phylogenetic systematics. This problem is addressed in the present paper by way of a review of the formal structure of hypothesis formation, commonly referred to as abductive inference, or abduction. While reasoning is often divided into forms that are regarded as either deductive or inductive, this distinction is not sufficiently descriptive. While induction can be treated in this broad sense, a more accurate categorization is accomplished by recognizing that non-deductive inferences can be segregated into inductive ( sensu stricto) and abductive forms. This has the benefit of allowing for a clear examination of the relations that exist between abduction, deduction, and induction in scientific practice, and the role played by each in scientific research. Abductive inference proceeds from the conjunction of a causal theory and observed effects to conclude an explanatory hypothesis that suggests possible past, initial conditions that account for those effects. It is from such a hypothesis that deduction can operate to conclude potential test consequences. Subsequently, induction is the act of testing the hypothesis by way of determining whether or not test evidence is the case. Phylogenetic-based examples of each of these inferential forms are provided. The principle consequence of this review is that the abductive framework within which phylogenetic systematics must operate has significant consequences for most methods. Secondarily is the recognition that the traditional emphasis on testing by way of the introduction of new shared similarities is entirely unfounded.