2004
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Phytoprotection ; vol. 85 no. 1 (2004)
Tous droits réservés © La société de protection des plantes du Québec, 2004
Linda M. Kohn, « Applying comparative genomics to plant disease epidemiology », Phytoprotection, ID : 10.7202/008906ar
L’interprétation phylogénétique ou généalogique des données sur les séquences d’ADN provenant de plusieurs régions des génomes est devenue la méthode de choix pour l’établissement des limites des espèces et en génétique des populations. Des concepts d’espèces bien définies peuvent aider à prendre des décisions en matière de quarantaine, mais ils sont probablement le reflet d’événements évolutifs qui se sont produits voilà trop longtemps pour avoir un impact sur la lutte contre les maladies. Par contre, une approche multilocus effectuée au niveau des populations peut permettre l’identification de schémas d’endémisme ou de migration en lien direct avec des épisodes de maladie, y compris des changements d’hôte et des modifications associées aux facteurs déterminants de la pathogénicité et de l’avirulence. Nous avons utilisé la base de données sur le génome du Magnaporthe grisea comme base d’une approche génomique comparative et multilocus qui nous a permis de démontrer une origine unique pour les génotypes qui infectent le riz avec la perte concomitante de la sexualité chez les lignées clonales pandémiques ainsi que des schémas de gain et de perte de gènes avirulents. Dans le pathosystème du Sclerotinia sclerotiorum, nous avons identifié d’importantes associations entre des haplotypes multilocus et des populations pathogènes en Amérique du Nord. À la suite de l’introduction d’une nouvelle culture, les génotypes pathogènes endémiques et les génotypes migrants d’évolution récente ont été la cause de symptômes nouveaux qui se sont produits tôt en saison.