TREEPEACE: Development of target sequence capture and estimation of genomic relatedness in a mixed oak stand
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13 avril 2018
- doi: 10.15454/OMO2JC
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Dendrology Recreations Oaks Quercus Blending Goal setting Setting of goals Sylviculture Forest lands Forestlands Silviculture Forestland Forestry Forest production Forestry sciences Woodlands Lands, Forest Forest land Forest planting Forestation Forestry industry Woods (Forests) Forest sciences Land, Forest Forested lands Deoxyribonucleic acid TNA (Nucleic acid) Desoxyribonucleic acid Thymonucleic acid Genoma Evaluación--Metodología Métodos de evaluación Robles Actividad lúdica Dendrología DNA Windows DNA Ludique, Activité Activité récréative Activité ludique Projet de vie Projet d'avenir Projets Projet (psychologie) Projet collectif Projet personnel Projet individuel Génomes Patrimoine génétique Chêne Quercus Audit Estimation Prisée Évaluations Audits Évaluation du service rendu Dendrologie Sciences pures Sciences exactes Sciences fondamentales Boisés Forêts et sylviculture Zones forestières Forêt Espaces boisés Taillis Peuplements forestiers Milieu forestier Essences forestières Régions forestières Ressources forestières Espaces forestiers Arbres forestiers Bois (forêts) Milieux forestiers Groupements forestiers (écologie) Futaies Massifs forestiers arbre forêtCiter ce document
Isabelle Lesur Kupin, « TREEPEACE: Development of target sequence capture and estimation of genomic relatedness in a mixed oak stand », Recherche Data Gouv, ID : 10.15454/OMO2JC
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Résumé
Le jeu de données est constitué de 191,281 SNPs identifiés dans 297 arbres (mélange de Q. robur et Q. petraea) situés dans la forêt de La Petite Charnie. Ces SNPs ont été détectés sur le génome de référence du chêne 3P, obtenu dans le cadre du projet ANR Genoak et hébergé par l'Urgi (https://urgi.versailles.inra.fr/Projects/Forest-trees-projects/GenOak). Les SNPs sont également accessibles sur le JBrowse de l'URGI: https://urgi.versailles.inra.fr/WebApollo_oak_PM1N/jbrowse/?loc=Qrob_H2.3_Sc0000024%3A63548..63683&tracks=DNA%2CAnnotations%2CSNP&highlight= Ces données ont été obtenues dans le cadre de l'ERC TreePeace (#FP7-339728) dirigée par Antoine Kremer. This dataset contains 191,281 SNPs identified in 297 oak trees (mixed oak stand of Q. robur and Q. petraea) located in La Petite Charnie forest. These SNPs have been identified in the oak reference genome 3P. The genome has been obtained within the Genoak ANR project and is available at URGI (https://urgi.versailles.inra.fr/Projects/Forest-trees-projects/GenOak). SNPs can also be accessed directly throught the URGI JBrowse: https://urgi.versailles.inra.fr/WebApollo_oak_PM1N/jbrowse/?loc=Qrob_H2.3_Sc0000024%3A63548..63683&tracks=DNA%2CAnnotations%2CSNP&highlight= These data have been obtained within the TreePeace ERC project (#FP7-339728), directed by Antoine Kremer.