Protocole de dépôt en open-access des données de séquençage sur une plateforme ouvèrte

Résumé 0

La qualité écologique des milieux aquatiques est contrôlée avec une large palette d’outils normalisés. Parmi ces outils, il y a les bioindicateurs, tels que les microalgues et les diatomées en particulier. L’analyse des diatomées est traditionnellement réalisée avec des microscopes (identification et comptage manuels), des listes micro-floristiques sont dressées et permettent de mesurer la qualité écologique des milieux. Ces analyses sont requises dans le cadre de la Directive Cadre Européenne sur l’eau. Des 1000iers d’analyses sont réalisées en France chaque année de cette manière par des laboratoires prestataires spécialisés. L’UMR Carrtel développe depuis 10 ans une méthode automatisée basée sur du séquençage ADN haut débit d’échantillons environnementaux : le métabarcoding. L’identification des séquences d’ADN de diatomées est réalisée par bio-informatique. Cette nouvelle méthode allie précision, régularité, vitesse et réduit les couts. Plusieurs publications scientifiques décrivent cette méthode, mais il manque des publications opérationnelles de ces protocoles et la mise en place de tutorats pour les laboratoires prestataires souhaitant proposer ce nouveau type d’analyse à leurs clients. L’UMR Carrtel est sollicité pour réaliser ce transfert vers des industriels/laboratoires privés. Ce projet, financé par l’Institut Carnot Eau & Environnement vise à : -1- mettre en place des outils pédagogiques pour la formation de tuteurs qui seront capables d’assurer un tutorat auprès des entreprises souhaitant mettre en place cette méthodologie dans leurs laboratoires, -2- transférer des protocoles déjà publiés dans des revues scientifiques sous forme de documents techniques directement utilisables. Ces documents seront mis en accès libre (data.inrae.fr). L’accès aux protocoles de la technique ADNe diatomées se fera après remplissage d’un formulaire. Ce formulaire permettra de compléter une BDD sur les utilisateurs et les intéressés par la technique ADNe Diatomées. En remplissant le formulaire, le partenaire acceptera « d'être recontacté dans le cadre d'animation scientifique et par le Carnot Eau & Environnement » et s’engagera « à transmettre les informations issues des analyses réalisées avec la méthode ADNe environnement si ces dernières ne sont pas non confidentielles (prescripteur public notamment) » sur une plateforme à déterminer. » -3- mettre en place un protocole et une plateforme en open-access (exemple : data.inrae.fr) pour le dépôt des nouvelles données de séquençage produites par les utilisateurs de la méthode (entreprises, gestionnaires, etc …). -4- organiser une demi-journée/un atelier sur le sujet à destination des laboratoires publics, laboratoires et entreprises privées pouvant être intéressés par la méthode ADNe appliquée aux diatomées. Cette demi-journée ou atelier aura pour objectif de réaliser une première sensibilisation de ces laboratoires à la méthode, de leur présenter un état des lieux de la technique et d’ouvrir sur des pistes de collaborations envisageables sur l’ADNe avec ces acteurs. Une enquête pourra être remplie par les participants quant à leurs visions de cette méthode (attente, réponse à un besoin, freins à son utilisation,…). L’atelier est envisagé lors de la journée du 12 mars 2021 en lien avec la conférence DNAQUA 2021. Ce DOI propose un protocole et une plateforme en open-access (exemple : data.inrae.fr) pour le dépôt des nouvelles données de séquençage produites par les utilisateurs de la méthode -3- Ce document spécifie également les métadonnées requises pour assurer la traçabilité des échantillons.