2016
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Jean Béguinot, « Extrapolation des inventaires de biodiversité incomplets : comment estimer au mieux le nombre d’espèces manquantes et prévoir l’effort additionnel d’échantillonnage requis pour réduire ce nombre », Publications de la Société Linnéenne de Lyon, ID : 10.3406/linly.2016.17799
Approcher l’exhaustivité reste l’objectif idéal de tout inventaire ; cependant la difficulté de réaliser des échantillonnages d’espèces sub-complets est appelée à s’accroître à mesure que se présentent des groupes taxonomiques plus difficiles à traiter (par exemple la plupart des groupes de micro-invertébrés) et que, par ailleurs, de multiples priorités d’investigations viennent entrer en concurrence. Pour autant, exploités de manière appropriée, les échantillonnages incomplets peuvent en dire plus qu’il ne semblerait au premier abord, et il apparaît possible d’en tirer un meilleur parti sous réserve de pouvoir réaliser des extrapolations numériques fiables. D’ailleurs, les outils adaptés à l’exploitation dans ce sens des échantillonnages incomplets ne manquent pas et pêchent même plutôt par la diversité des solutions proposées et, corrélativement, par la disparité des résultats auxquels elles conduisent. Heureusement, la mise en évidence récente de contraintes mathématiques restreignant les formulations acceptables de la Courbe d’Accumulation des Espèces au fil de l’accroissement de taille de l’échantillon permet désormais de faire une sélection efficace parmi les différentes solutions proposées, en faveur de l’extrapolation la plus fiable. Il devient ainsi possible (i) d’estimer avec une assez bonne exactitude le nombre d’espèces manquantes ayant échappé à l’échantillonnage et, partant, le niveau de richesse spécifique totale de l’ensemble inventorié ; (ii) d’extrapoler utilement la cinétique (progressivement ralentie) avec laquelle de nouvelles espèces viendraient s’ajouter à la liste déjà acquise par l’échantillonnage en cours, si celui-ci devait être poursuivi. Ceci permettant, du coup, de jauger objectivement le gain à attendre en termes de nouvelles espèces inventoriées, en fonction de l’effort d’échantillonnage supplémentaire à consentir. Toutes informations essentielles pour décider rationnellement de l’opportunité, soit de poursuivre, soit d’interrompre un échantillonnage en cours, compte tenu (i) du ratio gain attendu/ effort additionnel requis, (ii) du degré d’incomplétude de l’échantillon en cours (vis-à-vis de la richesse spécifique totale estimée), (iii) de la concomitance possible (et même courante) de priorités d’inventaires concurrentes, soit en d’autres sites, soit en faveur d’autres groupes taxonomiques. On illustre ici la mise en oeuvre de la procédure proposée d’extrapolation de la courbe d’accumulation des espèces permettant de «prolonger » numériquement l’échantillonnage déjà réalisé en considérant un récent inventaire de la faune cécidogène au sein du Parc National des Écrins. Cet inventaire rassemble les échantillonnages, inévitablement plus ou moins partiels, consacrés à chacun des quatre principaux ordres d’arthropodes cécidogènes : Acariens Trombidiformes, Hémiptères, Diptères, Hyménoptères.