Introduction générale aux méthodes comparatives phylogénétiques

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La méthode comparative phylogénétique (PCM pour Phylogenetic Comparative Method) est maintenant un outil classique en biologie de l’évolution, où son utilisation est allée croissant depuis le début des années 1980. Cela se matérialise par la diversité d’approches disponibles actuellement. Cet article explique brièvement les concepts et utilisations des PCM principales, en tant que méthodes d’analyse des relations entre traits phénotypiques, ou entre phénotype et environnement, dans un ensemble d’espèces liées par leurs relations phylogénétiques dont la prise en compte est au cœur des PCM. Seul le cas des variables quantitatives est abordé ici. Les deux grands types d’approches, avec ou sans prise en compte d’un modèle explicite d’évolution phénotypique, sont présentés, en particulier la méthode des contrastes indépendants, la régression phylogénétique des moindres carrés généralisés, ou PGLS ( Phylogenetic Generalized Least Squares) et la PVR ( Phylogenetic Eigenvector Regression). Le futur des PCM verra sans doute une incorporation toujours plus grande des méthodes bayésiennes, et la prise en compte de modèles évolutifs de plus en plus complexes, parfois tenant compte simultanément de plusieurs arbres phylogénétiques.

The Phylogenetic Comparative Method (PCM) is now a classical tool in evolutionary biology, where it has been increasingly used since the beginning of the 80’s. This is reflected is the wide diversity of approaches available today. This article briefly explains the concepts and uses of the main PCMs, referred here as analytical methods of the links between phenotypic traits, or between phenotypic and environmental traits, in a set of species, taking into account their phylogenetic relationships. The consideration of species phylogeny is at the heart of PCMs. Only quantitative variables are addressed in this article. The two main kinds of approaches, with or without an explicit phenotypic evolutionary model, are presented, in particular the independent contrasts method, the PGLS ( Phylogenetic Generalized Least Squares) regression and the PVR ( Phylogenetic Eigenvector Regression). Future PCMs will certainly see the incorporation of more Bayesian approaches with more complex evolutionary models, sometimes considering simultaneously several phylogenetic trees.