18 janvier 2023
Ce document est lié à :
doi:10.1016/j.watres.2023.119582
restricted , To access the data, please contact the scientific data manager. , Pour accéder à ces données, merci de contacter le contact scientifique décrit dans la fiche en décrivant votre structure et activité, le projet dans lequel s'inscrit votre demande.
Charles Henriot et al., « Caractéristiques physico-chimiques et bactériologiques des eaux - bassin versant d'Arcier - 2020-2022 », dat@UBFC, ID : 10.25666/DATAUBFC-2023-01-18
Method: [Données expérimentales] Les échantillons d'eau ont été prélevés toutes les deux semaines, dans des bouteilles stériles, stockés à 4°C, et analysés pour les concentrations bactériennes et les caractéristiques physico-chimiques dans les 8 h et 24 h suivant le prélèvement, respectivement. La température de l'eau, le pH, la conductivité électrique, le potentiel redox et la concentration en oxygène ont été mesurés in situ à 10 cm de profondeur à l'aide d'une sonde multiparamètre Odeon (Ponsel Mesure, France). Les concentrations en HCO3- ont été déterminées dans les 6 h suivant l'échantillonnage de l'eau par équilibrage avec de l'acide H2SO4. Pour déterminer les concentrations de carbone organique total et dissous (COT et COD), d'azote total, d'azote dissous, d'ions majeurs et de traces, 500 ml d'eau ont été prélevés et filtrés à travers des filtres en polycarbonate de 0,2 mm et analysés dans les 48 h suivant le prélèvement. Les échantillons ont été conservés à 4°C tout au long du processus. Les concentrations en COT, COD, azote total et azote dissous ont été mesurées à l'aide d'un analyseur COT (Vario TOC Cube, Elementar, Allemagne). Les concentrations de NO3-, NO2-, SO42-, F-, et Cl- ont été mesurées en utilisant un chromatographe ionique (ICS-1000, Dionex, USA). Les concentrations de N-NH4+ ont été mesurées par la méthode du bleu d'indophénol (réaction de Berthelot, Merck Spectroquant, Allemagne). Les concentrations de PO43- ont été mesurées par la méthode de coloration au bleu de molybdène. Les concentrations en As3+, Ca2+, Cd2+, Co2+, Cr3+, Cu2+, Fe2+, K+, Mg2+, Mn2+, Mo2+, Na+, Ni2+, Pb2+, Sb3+, Se2-, Si2+, Sr2+, Ti2+, Tl+ et Zn2+ ont été mesurées à l'aide d'un spectromètre de masse à plasma à couplage inductif (iCAP RQ ICP-MS, Thermo Fisher Scientific, États-Unis). Pour mesurer les concentrations d'E. coli BLSE, des aliquotes d'eau (100 ml) ont été filtrées à travers des membranes de 0,45-µm, qui ont ensuite été placées sur une plaque de gélose chromID BLSE (bioMérieux, Marcy l'Etoile, France). Lorsque nous avons suspecté des concentrations bactériennes élevées, nous n'avons plaqué que 50 ml d'eau sur les milieux sélectifs. Les plaques ont été incubées pendant 24 h à 37°C. Les colonies ont été comptées et classées en fonction de leur phénotype. Après des étapes de purification minutieuses, chaque type de colonie a été identifié à l'aide d'un spectromètre MALDI-TOF MS (Microflex 100 LT, Bruker Daltonics GmbH, Bremen, Allemagne) conformément aux recommandations du fabricant. Pour chaque morphotype d'E. coli se développant sur le chromID ESBL, la production d'ESBL a été détectée en utilisant un test de synergie suivant les recommandations du Comité des Antibiogrammes de la Société Française de Microbiologie. Nous avons conservé les isolats d'E. coli BLSE dans un bouillon d'infusion cœur-cerveau complété par 30% de glycérol à -80°C jusqu'aux analyses ultérieures.