« Arbori-culture » : une typologie des « arbres » dans la culture phylogénétique

Résumé Fr En

Le mot « arbre » est une métaphore qui embrasse une diversité considérable de graphes, de figures, d’intentions, de significations, et même de niveaux épistémologiques, si bien qu’une confusion règne. Tous les arbres ne sont pas comparables entre eux. Nous distinguons dans l’emploi des arbres le niveau mathématique (graphe connexe non cyclique orienté), le niveau théorique, le niveau empirique et enfin le niveau synthétique. Le niveau théorique, adjoint aux outils du niveau mathématique et aux données, forment ensemble la démarche empirique de l’investigation phylogénétique. La synthèse des arbres ainsi empiriquement obtenus constitue le niveau synthétique. Nous produisons une typologie des arbres produits depuis Darwin en fonction du type de donnée portée aux nœuds d’une part, et celui porté par les liens (les « branches ») d’autre part. Cette typologie en 9 classes permet de mieux cerner une définition moderne de ce qu’est une phylogénie.

The word “Tree” is a metaphor encompassing a wide range of figures, graphs, meanings, purposes, at different epistemological levels. There is some degree of confusion in the use of that term : any tree cannot be compared with any other so easily. Throughout the diversity of tree usages we distinguish the mathematical level (oriented non-cyclic connected graph), the theoretical level, the empirical level and the synthetic level. The theoretical level, along with the mathematical tool and the data, altogether empower the empirical level. The synthesis of several empirical phylogenetic investigations constitutes the synthetic level. We produce a typology of trees published since Darwin according to the type of data associated to the nodes and the type of data associated to the links (branches). This typology into 9 classes allows a modern definition of what we call a “ phylogeny”.