Le microbiote intestinal : un compartiment biologique à explorer chez les animaux d’élevage

Résumé En Fr

The microbiota of the gastro-intestinal tract : a biological compartment to explore in livestock species In a perspective of safe, competitive and sustainable animal breeding systems, deepening animal phenotyping and defining new breeding goals are identified as major concerns. The intestine hosts a microbial ecosystem referred to as the gut microbiota. The gut epithelium, at the interface between the host and the microbiota, plays fundamental roles in nutrient absorption, local and systemic immune functions, as well as adaptive functions. The onset of high throughput sequencing methods have paved the way toward an unprecedented characterization of the microbiota by producing data on the non cultivable bacteria set. In livestock species, the scientific and technological context is in place to study the gut microbiota at both phylogenetic (bacteria diversity) and functional levels, and analyze the impact on shaping the host phenotype.

L’élaboration de systèmes productifs et durables en élevage est une priorité. Dans ce contexte, il convient d’élargir le champ du phénotypage et d’identifier des leviers d’action. L’intestin héberge une communauté microbienne appelée microbiote intestinal. La muqueuse intestinale, à l’interface entre l’hôte et son microbiote, assure des fonctions vitales dans l’absorption des nutriments, dans l’équilibre immunitaire à la fois local et systémique, et dans la dynamique adaptative au cours de la vie. L’avènement de méthodes de séquençage à haut débit permet aujourd’hui de caractériser le microbiote intestinal avec une précision encore jamais atteinte, fournissant des données sur la portion bactérienne non cultivable. Chez les animaux d’élevage, le contexte scientifique et technologique est favorable pour mettre en place des projets qui croisent des informations individuelles liées au microbiote intestinal (diversité, écologie fonctionnelle) et à l’hôte (génétique, caractères zootechniques et cliniques, statut immunitaire), afin d’aborder de manière intégrée les nouveaux caractères à mesurer et améliorer.