L’approche protéomique en cancérologie

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Les progrès dans le domaine de la protéomique offrent de nouvelles opportunités en cancérologie. Préparation des tissus, dénaturation et filtration des protéines s’effectuent de façon rapide tout en maintenant de bons rendements. Ainsi, des projets internationaux permettent de collecter des informations sur le protéome, utiles pour recenser des marqueurs spécifiques à certains cancers. Il est désormais possible d’analyser des modifications protéiques indicatrices d’un cancer par simple prélèvement sanguin. La spectrométrie de masse reste un outil central en protéomique, mais n’est plus indispensable. Les connaissances acquises peuvent être exploitées en utilisant des anticorps couplés à des séquences nucléotidiques pour identifier la présence ou l’absence de tout un ensemble de protéines dans un échantillon.L’identification, la quantification et la validation de nouvelles protéines se font avec des technologies de plus en plus pointues, n’impliquant pas systématiquement des marquages et permettant l’analyse de plusieurs échantillons en parallèle. L’imagerie par spectrométrie de masse permet d’ajouter l’information de la localisation de la protéine. De nouvelles cibles thérapeutiques peuvent ainsi être identifiées et l’effet moléculaire des traitements existants mieux compris. Deux axes de recherche impliquent ces approches techniques : les interactions entre les protéines et le génome et les interactions des protéines entre elles. L’interactome ouvre la porte à l’acquisition de connaissances nouvelles pour améliorer encore le diagnostic le et traitement des cancers.Les nouveaux outils de protéomique sont recensés et brièvement décrits afin de proposer un tour d’horizon de ces innovations récentes.

Advances in proteomics are opening up new opportunities in oncology. Tissue preparation, protein denaturation and filtration can be carried out rapidly while maintaining high yields. As a result, international projects are providing information on the proteome, which may be useful to identify new markers specific to certain cancers. Moreover, it is now possible to analyse protein modifications indicative of cancer simply by taking a blood sample. Mass spectrometry remains a central tool in proteomics, but is no longer essential, and antibodies coupled to nucleotide sequences can now be used to identify the presence or absence of a whole set of proteins in a sample. The identification, quantification and validation of new proteins are carried out using increasingly advanced technologies, which do not systematically involve markers. The analysis of several samples at the same time is becoming very common for screening. Furthermore, additional data on protein localization may be provided by mass spectrometry imaging. New therapeutic targets can thus be identified and the molecular effect of existing treatments better understood. These technical approaches involve two main areas of research: interactions between proteins and the genome, and interactions between proteins themselves. A better knowledge of the interactome may reveal new insights to further improve cancer diagnosis and treatment. New proteomics tools are listed and briefly described in order to provide an overview of these recent innovations.