‪Situer l’analyse phylogénétique entre les sciences historiques et expérimentales‪

Résumé Fr En

Cet article propose une étude conceptuelle d’une pratique scientifique. L’analyse phylogénétique, méthode phare en biologie de l’évolution, permet d’inférer les relations évolutives entre différentes espèces ou organismes. De nos jours, elle fait souvent intervenir l’usage de données moléculaires, dont les résultats sont appelés des phylogénies moléculaires. Comment caractériser cette pratique ? Nous commençons par une présentation de la méthode, en la découpant en quatre étapes : (1) l’identification puis (2) l’alignement de séquences homologues (descendants d’un ancêtre commun) ; (3) la construction puis (4) l’interprétation d’un arbre phylogénétique. Nous montrons que l’analyse phylogénétique n’est pas une expérimentation, et donc n’appartient pas au « style de laboratoire », tel que défini par Hacking. Elle ne correspond pas non plus à une méthode typique des sciences historiques, telle que décrite par Cleland. Bien que la correspondance de l’analyse phylogénétique avec ces catégorisations ne soit que partielle, nous défendons l’utilité de chacune de ces confrontations pour souligner des aspects distincts de cette pratique. Nous remettons aussi en cause l’idée d’une séparation méthodologique nette entre sciences expérimentales et sciences historiques.

‪This article offers a conceptual study of a scientific practice. ‪Phylogenetic analysis is one of the main methods of evolutionary biology as it allows us to deduce the evolutionary relationships between different species or organisms. In current practice, these analyses are often performed with the help of molecular data, resulting in what are called molecular phylogenies. A major question is what is the best way to characterize this practice? We begin with a presentation of this method articulated in four stages: (1) identification; (2) alignment of homologous sequences (stemming from a common ancestor); (3) construction (4) interpretation of phylogenetic trees. We show that phylogenetic analyses are not experiments, and therefore do not belong to the “laboratory style”, as defined by Hacking. This practice does not correspond to a typical practice from the historical sciences, as described by Cleland. Although there is only a partial correspondence between phylogenetic analysis and these conceptualizations, we argue that each confrontation sheds light on distinct aspects of this practice. We also question the idea of a strong methodological separation between experimental sciences and historical sciences.