La génomique équine : tour d’horizon des outils disponibles pour les applications actuelles et à venir

Résumé En Fr

Since the last decades, various technological tools initially intended for human genomics have been rapidly deployed in farm animals including horses. First of all, genotyping allows the analysis of genetic variations in the genomic DNA of an organism such as microsatellite markers which are tandem repeats distributed throughout eukaryotic genomes or SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) which correspond to variations of a single nucleotide base. In veterinary laboratories, genotyping is currently used to carry out parentage testing or to search for equine monogenic disorders or traits. Sequencing is the process of determining the nucleotide sequence of a DNA fragment or a whole genome, such as Twilight, the first horse whose genome was completely sequenced in 2009. Other alternatives to sequencing allow to measure the expression of genes in a given tissue using transcriptomics (or RNAseq), to understand the regulation of this gene expression through epigenetic studies or to know the microbiota of a sample by metagenomic analysis. All of these genomic developments offer good prospects for the equine future diagnosis thanks to a better knowledge of multifactorial diseases and for the implementation of personalized medicine. These tools will also provide new information to equine industry in terms of breeding or selection as well as an improvement in the prediction of the sporting aptitude of athlete horses.

Depuis quelques décennies, de nombreux outils technologiques initialement destinés à l’étude de la génomique humaine ont été rapidement déployés chez les animaux d’élevage, dont les chevaux. Tout d’abord, le génotypage permet l’analyse des variations génétiques dans l’ADN génomique d’un organisme : par exemple, les marqueurs microsatellites, séquences répétées présentes partout dans les génomes eucaryotes ou bien les SNP (Single Nucleotide Polymorphism) qui correspondent à des variations d’une seule base nucléotidique. En laboratoire, le génotypage est actuellement utilisé pour la réalisation des contrôles de filiation ou pour la recherche d’un caractère d’intérêt et des maladies monogéniques équines. La technologie de séquençage permet, quant à elle, de déterminer la séquence nucléotidique d’un fragment d’ADN ou d’un génome entier : ainsi, Twilight, premier cheval dont le génome a été entièrement séquencé en 2009. D’autres alternatives au séquençage permettent de mesurer l’expression des gènes dans un tissu donné par une approche de transcriptomique (ou RNAseq), de comprendre la régulation de cette expression génique par des études épigénétiques ou bien de connaître le microbiote d’un échantillon par analyse métagénomique. L’ensemble de ces développements génomiques offre de belles perspectives pour le diagnostic équin de demain grâce à une meilleure connaissance des maladies multifactorielles et la mise en place d’une médecine personnalisée. Ces outils apporteront également des éléments nouveaux aux professionnels de la filière en termes d’élevage ou de sélection ainsi qu’une amélioration de la prédiction des aptitudes au sport des chevaux athlètes.