Απομόνωση και μοριακός χαρακτηρισμός του γενώματος του ίου Noda σε λαβράκια (Dicentrarchus labrax L.)> που εκτρέφονται σε γλυκό και θαλασσινό νερό στην Ελλάδα Isolation, characterization and sequence determination of Noda virus from sea bass (Dicentrarchus labraxL.) reared in freshwater and marine facilities in Greece El En

Résumé El En

Σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν η απομόνωση του ίου Noda από ιχθυες γλυκού νερού και ειδικά από το είδος Dicentrarchus labrax L. (λαβράκι) και ο μοριακός χαρακτηρισμός του. Σε προηγούμενες μελέτες έχει αναφερθεί η ανίχνευση τουίου Noda με τη μέθοδο της Αλυσιδωτής Αντίδρασης της Πολυμεράσης (ΑΑΠ) σε λαβράκια (Dicentrarchus labrax) που εμφάνιζαν κλινικά συμπτώματα και εκτρέφονταν υπό εντατικές συνθήκες σε γλυκό νερό. Δεν είχε, όμως, επιτευχθεί η απομόνωση του σε κυτταροκαλλιέργεια. Η παρούσα μελέτη περιγράφει την απομόνωση του ίου Noda από ελληνικές εκτροφές λαβρακιου που εμφάνιζαν κλινικά συμπτώματα και που εκτρέφονταν τόσο σε θαλάσσιο όσο και σε γλυκό νερό. Ο ιός απομονώθηκε στην ειδική συνεχή κυτταρική σειρά SSN-1, εκδηλώνοντας χαρακτηριστικό κυτταροπαθογόνο αποτέλεσμα υπό μορφή κενοτοποίωσης και εκφύλισης. Παράλληλα, στο σύνολο των δειγμάτων εγκεφαλικού ιστού και οφθαλμών που προέρχονταν από μολυσμένα λαβράκια, ανιχνεύθηκε, με χρήση της Ανάστροφης Μεταγραφής - της Αλυσιδωτής Αντίδρασης Πολυμεράσης (Reverse Transcription-PCR) και με την τεχνική της nestedRT-PCR (nested Reverse Transcription) - PCR, ένθετη ανάστροφης αντιγραφής- PCR, μια γενωμική περιοχή μεγέθους 255 ζευγών βάσεων (ζβ). Η σύγκριση της αλληλουχίας των νουκλεοτιδίων της παραπάνω περιοχής με αντίστοιχη που ανιχνεύθηκεσε ασθενή λαβράκια ευρωπαϊκής εκτροφής και σε άλλα είδηιχθύων ανέδειξε μεγάλο βαθμό ομολογίας μεταξύ τους.

The present study aims το characterize Noda virus isolates from freshwater and marine fish, specifically from species Dicentrarchus labrax (sea bass). Previous works reported the detection of Noda virus only by using PCR, in cultured Dicentrarchus labrax showing clinical symptoms. Here we describe the isolation of Noda virus from symptomatic sea bass cultured in sea and freshwater facilities in Greece. The virus was isolated in the continuous cell line SSN -1, exhibiting characteristic cytopathic effect, vacuolation and degeneration of the monolayer. In parallel, in all cerebral tissue samples isolated from infected individuals, a 255 bp viral fragment has been detected, using Reverse Transcription - Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) and nested PCR. Comparison of the amplified sequence was detected in diseased fish in European farms and in other piscine species revealed a high nucleotide homology.